Մհեր Մկրտչյանը ծնվել է Գյումրիում 1930 թվականին։ Հայրը ծագումով մշեցի էր, իսկ մայրը՝ վանեցի։
Գյումրիում սովորել է նկարչական ու երաժշտական դպրոցներում, միաժամանակ հաճախել է թատերական ինքնագործ խմբակ։ 1945-1946 թվականներին սովորել է Մռավյանի անվան թատրոնին կից ստուդիայում, ավարտելուց հետո, 1947 թվականին ընդգրկվել է նույն թատրոնի հիմնական խմբի մեջ։ Այս թատրոնում Մհերը խաղացել է տասնյակից ավելի մեծ ու փոքր դերեր՝ ցուցաբերելով իր տարիքի համար անսովոր վարպետություն։
1951-1956 թվականներին սովորել է Երևանի պետական գեղարվեստա-թատերական ինստիտուտում (ղեկավար՝ Վաղարշ Վաղարշյան)։
1956 թվականին տեղափոխվել է Գաբրիել Սունդուկյանի անվան ազգային ակադեմիական թատրոն։
1959 թվականին ռեժիսոր Համասի Մարտիրոսյանը նրան հրավիրել է նկարահանվելու «01-99» կարճամետրաժ ֆիլմում, որտեղ էլ Մհերը ստեղծեց հյութեղ մի կերպար, որը մինչև այժմ էլ հանդիսատեսը չի մոռանում։
